インデックス・ファンドはファンドの基準価額の値動きが特定の指数（インデックス）の値動きに連動することを目指す投資信託です。したがって、指数への連動率が高いほど、その目的にそった運用が行なわれているファンド、つまりよいインデックス・ファンドであると言えます。
しかし、連動率が１００％となることはありません。それは、ファンドの運用には経費がかかり、また、資金の出入りによる非効率が発生するためです。指数は構成銘柄の売買を行ないませんので、このような費用はかかりませんが、ファンドの運用には費用がかかります。
例えば、信託報酬、株式などを売買するための売買委託手数料、監査費用、それらにかかる消費税などです。これらの経費はファンドの資産から差し引かれます。費用が大きいほど、ファンドの基準価額にとってはマイナスが大きいことになり、連動率を下げる要因となります。
また、ファンドには日々新たな投資家の資金が流入し、一方で解約した投資家の資金が流出します。これらに備えて、ファンドはある程度の現金を確保する必要があり、ファンドの資産全てを投資に回すことはありません。その結果、ファンドの運営にある程度の非効率が生じ、これも指数との連動が１００％とはならない要因の一つとなります。